En un principio se trataba de una pequeña aldea de población dispersa, con la iglesia como núcleo aglutinante, pero paulatinamente adquirió mayor importancia debido en gran medida a su condición de núcleo administrativo eclesiástico, así como su emplazamiento en un punto de paso entre el señorío y la costa. Varias familias nobiliarias se asentaron en los alrededores de la población apoyando su poder económico en los beneficios obtenidos de la tierra.
Debido a la crisis agropecuaria de finales del siglo XIII, los linajes vieron afectada su economía y reducidas sus ganancias; en esta situación se intentaron mejorar las fuentes de riqueza, empleando otros métodos menos ortodoxos pero que a su vez se trataba de un recurso más fácil: la violencia.
No se conoce exactamente la fecha de los primeros asentamientos de la población de Mungia, pero sí se sabe que la villa nació en Agosto de 1376 casi en el centro de la Anteiglesia de Mungia con el fin de protegerla por medio de muros y cercas de los ataques de aquellos que asolaban su suelo.
Se sucedieron las luchas contra los campesinos para tratar de despojarlos de sus bienes agrarios. En la zona de Mungia, se hallaban representados ambos bandos. La villa y la anteiglesia.
Pero el nombramiento de villa no evitó que se produjesen luchas en la zona; de este modo se suceden episodios derivados de la guerra de banderizos, entre ellas cabe destacar la batalla de Berteiz o la conocida como la batalla de Mungia, ocurrida el 27 de Abril de 1479 en la que los que hasta ese momento eran enemigos se aliaron para luchar contra el conde de Haro.
Anteriormente a la fundación de la Villa existía, pues, la anteiglesia y en dicho sitio, el célebre Solar de Villela, así como parroquias a las cuales acudían los moradores. La anteiglesia y la villa de Mungia, pertenecían a la Merindad de Uribe, y tuvieron en las Juntas de Gernika su propia y diferenciada representación. Ambas entidades municipales tenían plena autonomía. La villa se regía por los estatutos de la Carta-Puebla; en cambio, la Anteiglesia por el originario Régimen Foral, común a toda la Tierra Llana o Infazona.
La fuente de los Fueros y del Régimen Foral no fue otra que la dictada por el uso y la costumbre. En la Tierra Llana los asuntos públicos se debatían en los pórticos de las iglesias parroquiales. La ley del 25 de Octubre de 1839 acabó con esa libertad Municipal. La Anteiglesia y la Villa constituyeron una dualidad hasta el 6 de Septiembre de 1900, en que se fusionaron y concordaron ambos Ayuntamientos al cabo de 524 años de separación. La anteiglesia tenía el asiento y el voto nº 69 de las Juntas de Gernika y la Villa el nº 15, y ambos pertenecían al bando guerrillero-Gamboíno.
La vida de los habitantes de Mungia transcurrió hasta 1936 con un desarrollo creciente de actividades artesanas y de comercio. Durante la guerra fue uno de los pueblos más castigados por los bombardeos de las tropas fascistas. Esta guerra frenó el crecimiento del pueblo urbano, pero gracias al la colaboración de pueblos vecinos y a la aportación de la mano de obra necesaria en aquel momento, se construyeron cantidad de edificaciones y calles que ampliaron notablemente el casco urbano. La recesión de los años 70 trajo un corto periodo de crecimiento vegetativo negativo en la población, pero en los últimos años está experimentando un fuerte aumento.